故事1

1866年，海上发现了一只疑似为独角鲸的大怪物，阿龙纳斯教授及仆人康塞尔受邀参加追捕。在追捕过程中，他们与鱼叉手尼德·兰不幸落水，到了怪物的脊背上。他们发现这怪物并非是什么独角鲸，而是一艘构造奇妙的潜艇。潜艇是尼摩在大洋中的一座荒岛上秘密建造的，船身坚固，利用海水发电。尼摩船长邀请阿龙纳斯作海底旅行。他们从太平洋出发，经过珊瑚岛、印度洋、红海、地中海、大西洋，看到海中许多罕见的动植物和奇异景象。途中还经历了搁浅、土著围攻、同鲨鱼搏斗、冰山封路、章鱼袭击等许多险情。最后，当潜艇到达挪威海岸时，三人不辞而别，回到了他的家乡。

在《海底两万里》中，尼摩是个不明国籍的神秘人物（后在《神秘岛》中交代其为印度人），他在荒岛上秘密建造的这艘潜艇不仅异常坚固，而且结构巧妙，能够利用海洋来提供能源，他们依靠海洋中的各种动植物来生活。潜艇船长对俘虏也很优待，但为了保守自己的秘密，尼摩船长从此之后不允许他们离开。阿龙纳斯一行人别无选择，只能跟着潜艇周游各大洋。在旅途中，阿龙纳斯一行人遇到了无数美景，同时也经历了许多惊险奇遇。他们眼中的海底，时而景色优美、令人陶醉；时而险象丛生、千钧一发。通过一系列奇怪的事情，阿龙纳斯终于了解到神秘的尼摩船长仍与大陆保持联系，用海底沉船里的千百万金银来支援陆地上人们的正义斗争。最后，鹦鹉螺号在北大西洋里遇到一艘驱逐舰的炮轰，潜艇上除了三位俘虏外个个义愤填膺，用鹦鹉螺号的冲角把驱逐舰击沉。不久，他们在潜艇陷入大漩涡的极其险恶的情况下逃出了潜艇，被渔民救上岸。回国后，博物学家才将旅行中所知道的海底秘密公之于世。

故事2

故事并不复杂：法国人阿罗纳克斯，一位博物学家，应邀赴美参加一项科学考察活动。其时，海上出了个怪物，在全世界闹得沸沸扬扬的科考活动结束之后，博物学家正准备束装就道，返回法国，却接到美国海军部的邀请，于是改弦更张，登上了一艘驱逐舰，参与“把那个怪物从海洋中清除出去”的活动。

经过千辛万苦，“怪物”未被清除，驱逐舰反被“怪物”重创，博物学家和他的仆人以及为清除“怪物”被特意请到驱逐舰上来的一名捕鲸手，都成了“怪物”的俘虏！“怪物”非他，原来是一艘尚不为世人所知的潜水艇，名“鹦鹉螺”号。

潜艇对俘虏倒也优待；只是，为了保守自己的秘密，潜艇艇长内莫从此永远不许他们离开。阿罗纳克斯一行别无选择，只能跟着潜水艇周游各大洋。十个月之后，这三个人终于在极其险恶的情况下逃脱，博物学家才得以把这件海底秘密公诸于世。

在深不可测的大海深处，人们发现了一个幽灵般的“海怪”，它居然把硕大的斯科迪亚号客轮，撞出了一个整整齐齐的等腰三角形大洞。为探时“海怪”的秘密，著名学者职龙纳教授和他忠实的仆人孔塞尔参加了美国政府为搜寻“海怪”组织的远征军。